Сейчас в мире шиноби затишье. Недавняя весть о смерти Учихи Итачи заставила Наруто снова поверить в  то, что Саске вернется обратно. Но младший Учиха решил мстить Конохе за смерть брата. А вот судьба делает Итачи щедрый подарок. Во время приступа болезни у него происходит остановка сердца, но как сказано, судьба благосклонна к нему и поэтому он впадает в кому, благодаря чему остается жив. Каге Конохи решает собрать в ближайшее время совет. На нем они будут поднимать вопрос о защите своих шиноби. Акацуки начинают охоту не только на джинчуурики, но и на сильных шиноби, потому что в их организации идет подготовка к войне на которой они не хотели бы видеть многих. Теперь они ищут людей для того чтобы они разыскивали для них информацию о месте нахождении их целей. Многие хотят получить могущество и силу, поэтому желающие сами идут прямиком к смерти. Джирая считавшийся умершим вернулся через некоторое время со страшными шрамами, которые остались после боя с Пейном.
Что же случилось с лидером Акацуки, Пейном? Наруто, решив, что Пейн погиб - ошибся. Желание жить и воплотить в реальность мечту Яхико, заставило вернутся к жизни Нагато. Конан почувствовав жизненные силы у друга, помогает ему выжить дав немного собственной чакры.
В пять великих стран шиноби прибывают новые воины. Они создают целые кланы, благодаря чему повышают боеспособность своей страны. Восмихвостый Киллер Би и девятихвостый Наруто начинают тренировки, а полный желания вернуть друга, Наруто - успешно с ними справляется.
Кабуто - украв несколько свитков с тайными техниками скитается по свету, успешно скрываясь как от Акацуки, так и от Конохи.
Внезапно для Мадары из небытия возвращается Итачи, с главной целью - остановить собственного брата, но настоящий лидер организации делает попытку сдержать его и велит не попадатся на глаза Саске.
В деревне Скрытой в Песке, Темари и Канкуро возглавляют отряды шиноби Песка и начинают патрулировать границы. В стране военное положение. Казекаге Гаара первым поднимает вопрос о защите шиноби от Акацуки. В Куме, Кири, Таки, Кусе и Юке начинают готовится к войне. Все готовы и ждут первого хода от Акацуки. 
Аме оставшись без своего бога начинает стремительно беднеть. В стране процветает мародерство и люди мечтают вернуть всё назад. 
В остальных деревнях все тоже не гладко, Акацки заполучили многих Хвостатых. Авторитет некоторых деревень подорван, поэтому все соглашаются на совет 5 каге.
Что же ждет наших героев дальше? Всё это зависит от вас.